Willstätter era filho de um comerciante de têxteis de Karlsruhe, na Alemanha. Ele foi educado na Universidade de Munique, recebendo seu doutorado em 1894 para trabalhar em cocaína. Ele era professor de química em Zurique 1905-1912, quando saiu para trabalhar no Instituto Kaiser Wilhelm, em Berlim. Em 1916, ele conseguiu Adolf von Baeyer para a cadeira de química em Munique. Ele renunciou em 1924 em protesto contra o crescente anti-semitismo na Alemanha, mas manteve-se em sua terra natal até que sentiu que a sua já não estava seguro, indo para o exílio na Suíça, em 1939.

Willstätter foi pouco reconhecido com a sua teoria da enzima. Na década de 1920, ele afirmava ter isolado enzimas ativas, sem vestígios de proteína. Suas opiniões foram amplamente aceitas, até as enzimas serem classificadas como proteína, pelo trabalho de John Northrop, em 1930.
Por seu trabalho sobre pigmentos vegetais Willstätter foi agraciado com o Prêmio Nobel de Química em 1915.
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